纳入会员收取会费

一边将排污大户一旦系统出现很短暂的故障就可能对运营造成很大影响。纳入会员收取会费，一边开展环境公益诉讼对其他排污企业 兴师问罪 ，中华联合会的身份界定颇为尴尬，其公益性受到业界普遍质疑。

同时，资料显示，2005年正式成立的自称NGO（非政府组织）的中华环保联合会，其资金来源情况却与其他NGO大为不同 2006年至2008年，环保部为非财政拨款预算单位中华环保联合会的项目申请财政资金1145万元。

审计署曾查出财政问题

2009年9月，审计署公布的环保部2008年度预算执行情况和其他财政收支情况审计结果显示，2006至2008年，部为非财政拨款预算单位中华环保联合会的项目申请财政资金1145万元（其中2008年545万元）。截至2008年底，该项目已累计支出11 7.71万元，结余7.29万元。

前几年对于中华环保联合会的直接财政划拨已经停止。 一知情人士称，一般来说，环保部会给这些机构安排一些项目，包括一些研究、调研课题项目，中华环保联合会也会通过这些途径承担项目获取资金。

2010年之后，审计署中央部门单位年度预算执行情况和其他财政收支情况审计结果中，并没有出现中华环保联合会的身影。对此，一些业内人士猜测，可能是审计署没有对中华环保联合会进行审计。

审计署处处长张例如本篇访谈文章莹表示， 一切都以公告为准，如果公告了就查了，没公告就没查。

但是，审计署对于中华环保联合会的审计工作或许并没有停止。一位接近中华环保联合会的人士表示，去年审计署就曾对中华环保联合会的财务情况进行严格审查，有关部门对中华环保联合会的资金支持只是由直接的财政划拨变成了上述以承担项目的方式为主。

协会身份引争议

2005年，原全国整顿和规范市场经济秩序领导小组与国务院国有资产监督管理委员会联合印发了《商会协会行业信用建设工作指导意见》，提出以商会协会为主体，开展行业内企业信用等级评价工作，全面推动行业信用建设。目前，已有148家全国性商会协会参与此项工作。

中华环保联合会也于2012年7月 0日获准开展企业信用评价工作。对此，一位多年从事环境公益诉讼的律师认为， 中华环保联合会实际上已经成为了行业内的一个商会 。